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不过高速冷冻离心机虽然操作简单，但是不可掉以轻心，因为稍微有操作上的差错，哪怕是一点点的不对，可能造成严重的后果，甚至能危害到生命。
1、操作大容量高速冷冻离心机时，要求的就是配平。配不平，那就等于地基没造，离心试验也不用开始。离心管和离心吊桶必须对称的放置在转头中，离心管及内容物需在天平上配平。不对称的放置会导致离心过程中转轴受力不均进而产生磨损，降低高速冷冻离心机的使用寿命。
严重的甚至会导致离心转头飞出离心腔，想象一下转速高达几千上万转头的破坏力。所以，为了延长离心的使用寿命，也为了实验人员的安全，离心前一定要配平。
2、其次就是转速过载，我们都知道一台高速冷冻离心机的每个转头都有转速和离心力。要严格按照每个转头的离心能力来设置参数，超出其范围可能会导致危险的发生。
当然对高速冷冻离心机来讲过载离心这种操作是不存在的，因为它有“转头识别”和“超速报警”功能。每个转头都有独特的识别码，安装的是哪款转头系统会自动识别并在显示屏上显示其转速/离心力。您是没有机会“离心速度过载”的。
3、还有就是盖子，大容量高速冷冻离心机有自动脱帽的功能，所以定角转头离心开始前一定要检查转头是否盖了离心盖，不盖盖子离心离心腔内会产生很大的涡流阻力，给电机增加负担，降低离心机的使用寿命。
4、离心管的选择，采用合适的离心管，不同的离心管能够耐受的离心力是不一样的，如果采用超出离心管的离心力可能会导致管子变形甚至破裂。
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